La armónica integración en su personalidad de este conjunto de elementos con la visión y el sentido cristiano de la vida y de la realidad, hacen cristalizar en él, aún después de haber iniciado la carrera de arquitectura, la vocación monástica cisterciense, por la que opta - según sus propias palabras -: "siguiendo los dictados de su corazón hacia Dios, y el ansia de llenarse de Él".

Así ingresó en el monasterio cisterciense de San Isidoro de Dueñas, el 15 de enero de 1934, presentando como único bagaje personal "un corazón muy alegre y con mucho amor a Dios".
A partir de entonces parece como que el proceso personal de Rafael se precipitara: sólo le quedan cuatro años de vida, pasados en temporadas alternativas entre la casa familiar y la comunidad monástica, a causa de una diabetes sacarina, manifestada repentinamente a los cuatro meses de su ingreso. La enfermedad le obligó a dejar el noviciado y marcó, con su evolución, las distintas salidas y reingresos, que ponen en evidencia la firmeza de su convicción vocacional y la generosidad de su entrega, hasta morir en la enfermería del monasterio el 26 de abril de 1938.